Dans plusieurs de ses activités, la Société de généalogie de Québec (SGQ) collabore avec divers organismes ou associations. Ces activités logent alors à l'enseigne du partenariat, une façon de faire qui permet de mettre à profit les ressources et les expertises de chacune des parties tout en respectant leur mission propre. Une telle approche facilite grandement la mise en œuvre de projets intéressants et durables.
Le Centre d'archives de Québec de Bibliothèque et Archives nationales du Québec (BAnQ) constitue un partenaire privilégié de la SGQ. Cette situation déborde largement le fait que, depuis 1984, la SGQ est locataire du Centre d'archives de Québec de BAnQ. La collaboration touche divers domaines dont le prêt d'équipements, les projets de recherche et de développement où des équipes contribuent à la planification et à la mise en œuvre de banques de données et certaines activités de promotion (salons de généalogie, Fêtes de la Nouvelle-France etc). De même, plus de vingt cinq activités de formation sont élaborées et offertes en collaboration, telles Premier contact avec la généalogie et la série Les ressources du Centre d'Archives de Québec de BAnQ. Cette collaboration fait l'objet d'un protocole d'entente renouvelable à échéance.
La Ville de Québec est également un partenaire important. Ainsi, la SGQ est considérée comme le répondant principal dans les dossiers relatifs à la généalogie. De plus, des collaborations ont été convenues avec le Service des archives historiques pour le prêt d'illustrations pour la revue L'Ancêtre et la visite de leurs collections; d'autres projets concernent le Service de la culture de la ville. La SGQ participe également à des projets menés par la Commission de la capitale nationale et a contibué à la commémoration du 400e anniversaire de la fondation de la ville de Québec. La SGQ est reconnue comme " organisme associé " par l'arrondissement de Sainte-Foy/Sillery/Cap-Rouge.
Des chercheurs de l'Université Laval oeuvrant dans divers départements collaborent avec ceux de la SGQ et de BAnQ à différents projets de recherche. Le projet sur les recensements de la Ville de Québec de 1851, 1871 et 1901 constitue un bel exemple d'un projet de recherche appliqué dont l'exploitation enrichit considérablement la compréhension de la dynamique sociale de cette entité.
Les travaux préparatoires à la tenue en 2008 du Congrès international des sciences généalogiques et héraldiques ont fourni à la SGQ de nombreuses occasions de collaborations avec d'autres organismes dont la Fédération québécoise des sociétés de généalogie, la Société historique de Québec, la Fédération française de généalogie et l'Autorité héraldique du Canada.
D'autres activités permettent à la SGQ de s'associer à d'autres partenaires. À titre d'exemple, la tenue du congrès de la Fédération des familles souches à Québec en juin 2003 a donné suite à un atelier de formation. De même, certaines conférences de la SGQ sont des activités communes ou en collaboration avec la Société historique de Québec, la Société d'histoire régionale de Lévis et la Société de généalogie de Lévis. D'autres initiatives semblables pourraient être mises en œuvre dans le même contexte avec d'autres partenaires.
